从 PDB 获取结构并查看密度

TL;DR

找到感兴趣的结构，这里以目前数据库中分辨率最高（0.48 Å）的结构 5D8V 为例。

下载模型和密度

PDB format 的模型

Validation 2fo-fc coefficients 文件，解压得到 cif 格式文件

Validation fo-fc coefficients 文件，解压得到 cif 格式文件

得到 3 个文件：

5d8v.pdb

5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif

5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif

转换格式：

使用 CCP4 套件中的 cif2mtz

Copy
cif2mtz hklin 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif hklout 2fo-fc.mtz << EOF
EOF

cif2mtz hklin 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif hklout fo-fc.mtz << EOF
EOF

使用独立 python 包 gemmi

Copy
pip3 install gemmi

gemmi cif2mtz 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif 2fo-fc.mtz
gemmi cif2mtz 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif fo-fc.mtz

在 COOT 中加载 PDB 模型和 2fo-fc.mtz 以及 fo-fc.mtz 即可

Reference

X-ray Electron Density Maps

此文由 Mix Space 同步更新至 xLog
原始链接为 https://xxu.do/posts/structure/Retrieve-structure-from-PDB-and-view-density