データの準備#
h5 形式を cbf 形式に変換する:XDS は h5 形式の画像を処理できないため、プロセスの前に画像を cbf 形式に変換する必要があります。macOS では、eiger2cbfという便利なプログラムがあります。
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data -- フレーム数を取得
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N out.cbf -- N番目のフレームをout.cbfに書き込む
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N -- N番目のフレームを標準出力に書き込む
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N:M out -- NからM番目のフレームをoutNNNNNN.cbfに書き込む
例:
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data 1:720 out # すべての720枚の画像をcbf形式に変換する
X 線データの処理#
XDS で処理する#
XDSGUI
-
このinstrucmentに従って XDSGUI をインストールします。
-
ターミナルで XDSGUI を実行します。
cd path/to/your/images xdsgui
-
画像をロードし、XDS.INP ファイルを生成します:
-
XDS.INP ファイルを必要に応じて編集し、「Run XDS」をクリックします。
SSRF の 10U2 ビームラインでデータを収集した場合、「ROTATION_AXIS」パラメータを「0 -1 0」に変更する必要があります。
-
CORRECT ページで結果を確認します。
Xia2 で処理する#
-
Xia2 を使用する方法は 2 つあります:CCP4 で Xia2 を使用するか、最新の xia2/DIALS バンドルを **このウェブサイト** に従ってインストールします。
-
以下のコマンドでデータを処理します:
cd path/to/images xia2 pipeline=dials-aimless ./ goniometer.axes=0.000000,1.000000,0.000000 xia2.settings.resolution.d_min=2
autoPROC で処理する#
-
ライセンスを申請し、**このウェブサイト** に従って autoPROC をインストールします。
-
以下のコマンドでデータを処理します:
cd path/to/images process -I . -d autoproc -R 50 2 > out.log # 結果をautoprocという名前のサブディレクトリに保存し、解像度を2から50まで変化させ、ログをout.logファイルに保存します。
構造の決定#
データの検証#
-
autoproc ディレクトリ内の
XDS_ASCII.HKL
ファイルを回折ファイルとして見つけます。 -
Phenix Xtriage でデータを検証し、回折ファイルを入力して実行します。
分子置換#
-
autoproc ディレクトリ内の
XDS_ASCII.HKL
ファイルを回折ファイルとして見つけます。 -
テンプレートモデルを取得します:
- タンパク質の配列を PDB データベースと比較し、適切な構造を選択して PDB ファイルをダウンロードします。
- テンプレートモデルをダウンロードした後、冗長なコピーと水分子を除去するために PyMOL で編集する必要があります。
-
ASU(非対称単位)にいくつのコピーがあるかを決定します:
-
Xtriage の結果から数を取得できます。
::: grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}
::: -
または、CCP4 のセル内容解析ツールを使用することもできます。
[!NOTE]
溶媒含有量を通じてコピーの数を決定できます。一般的に、ほとんどの生体高分子結晶の溶媒含有量は 40%から 60%の間です。
-
-
Phenix Phaser-MR を使用して分子置換を行います。
::: grid {cols=4,rows=1,gap=12,type=images}
::: -
Phenix AutoBuild を使用してモデルを構築します:分子置換の結果を入力し、実行します。
-
Coot で AutoBuild のモデルを確認し、手動で精製します。
::: grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}
:::
この記事は Mix Space からの同期更新です
オリジナルのリンクは https://xxu.do/posts/academic/X-ray-data-processing