X射線數據處理

準備數據#

將 h5 格式轉換為 cbf 格式：XDS 不能處理 h5 格式的圖像，因此您需要在處理之前將圖像轉換為 cbf 格式。在 macOS 上，eiger2cbf 是一個有用的程序來完成這個操作。

eiger2cbf path/to/your/h5_master_data           -- 獲取幀數
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N out.cbf -- 將第 N 幀寫入 out.cbf
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N         -- 將第 N 幀寫入 STDOUT
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N:M   out -- 將第 N 到 M 幀寫入 outNNNNNN.cbf

例如：

eiger2cbf path/to/your/h5_master_data 1:720 out # 將所有 720 張圖像轉換為 cbf 格式

X 射線數據處理#

使用 XDS 處理#

XDSGUI

根據這個說明安裝 XDSGUI。
在終端中運行 XDSGUI。
```
cd path/to/your/images
xdsgui
```
加載圖像並生成 XDS.INP 文件：
修改 XDS.INP 文件以滿足您的需求，然後單擊 運行 XDS。

如果您使用 SSRF 的 10U2 光束線收集數據，您應該將 ROTATION_AXIS 參數修改為 0 -1 0。
在 CORRECT 頁面檢查結果。

使用 Xia2 處理#

有兩種方法使用 Xia2：在 CCP4 中使用 Xia2，或根據 這個網站 安裝最新的 xia2/DIALS 套件。

使用它處理您的數據：

cd path/to/images
xia2 pipeline=dials-aimless ./ goniometer.axes=0.000000,1.000000,0.000000 xia2.settings.resolution.d_min=2

使用 autoPROC 處理#

根據 這個網站 申請許可證並安裝 autoPROC。

使用它處理您的數據：

cd path/to/images
process -I . -d autoproc -R 50 2 > out.log 
#將結果保存在名為 autoproc 的子目錄中，解析度範圍從 2 到 50，將日誌保存到 out.log 文件中。

結構確定#

驗證數據#

在 autoproc 目錄中找到 XDS_ASCII.HKL 文件作為衍射文件。
使用 Phenix Xtriage 驗證數據，將衍射文件放入並運行。

分子替換#

在 autoproc 目錄中找到 XDS_ASCII.HKL 文件作為衍射文件。
獲取模板模型：
1. 使用 PDB 數據庫對您的蛋白質序列進行 BLAST，選擇合適的結構並下載 PDB 文件。
1. 下載模板模型後，您需要使用 PyMOL 編輯它以去除冗餘副本和水分子。
確定 ASU（不對稱單元）中有多少副本：
1. 您可以從 Xtriage 的結果中獲得數量。
  
  ::: grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}
  
  :::
2. 或者您可以使用 CCP4 中的單元內容分析工具。
[!NOTE]

您可以通過溶劑含量來確定副本數量，通常，大多數生物大分子晶體的溶劑含量在 40% 到 60% 之間。
使用 Phenix Phaser-MR 進行分子替換。

::: grid {cols=4,rows=1,gap=12,type=images}

:::
使用 Phenix AutoBuild 構建您的模型：輸入分子替換的結果並運行。
在 Coot 中檢查 AutoBuild 的模型並手動進行精修。

::: grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}

:::

此文由 Mix Space 同步更新至 xLog 原始鏈接為 https://xxu.do/posts/academic/X-ray-data-processing