ChimeraX を使用して結晶構造小分子密度を描画する

必要なもの：

この記事では、7VH8を例に、この記事を参照して PDB と MTZ ファイルを取得します。

ChimeraX を開き、Clipper をインストールします。インストール方法は 2 通りあります：
1. グラフィカルインターフェースで、Tools -> More Tools...からインストールを見つけます。
2. toolshed install clipperコマンドを実行してインストールします。
PDB ファイルを開いた後、mtz ファイルをドラッグするとポップアップが表示され、対応する PDB を選択します。

開いた後はこのようになります：

密度を表示します：

小分子の近くの密度のみを表示します：

clipper isolate sel surroundDistance 0 contextDistance 5 maskRadius 2.5 hideSurrounds true focus true

パラメータ	説明
sel	現在選択されている原子（すなわち小分子）を指します。
surroundDistance	選択を拡張する距離を指定します。デフォルトは 0 オングストロームです。このパラメータは、選択された原子以外にどの原子を追加してマップのカバレッジ領域を計算するかを決定します。
contextDistance	追加表示されるコンテキスト領域の距離を設定します。デフォルトは 5 オングストロームです。これらの原子は表示されますが、マップにはカバーされません。
maskRadius	マップマスクの半径を指定します。デフォルトは 3 オングストロームです。これは、選択された領域の周りにマップがどれだけ広がるかを決定します。
hideSurrounds	true の場合、surroundDistance 範囲外の原子は非表示になります（カートゥーン表示には影響しません）。
focus	true の場合、ビューはリセットされ、カバレッジ領域が中央に表示されます。

小分子の近くの密度を表示

コンターレベルを調整し、色を付けます：

注意が必要なのは、Coot と ChimeraX で使用されるコンターレベルに違いがあることです：

ソフトウェア	コンターレベル
Coot	デフォルトで標準偏差（sigma）単位を使用して等高線レベルを表します（ソフトウェア内では rmsd として表示されます）。 Coot でコンターレベルを 1.0 に設定すると、実際には平均密度に 1.0 標準偏差を加えた値以上の密度値を表示する領域を示します。
ChimeraX	通常、絶対電子密度値（electron/Å³）で等高線レベルを表します。コマンド`volume #1 level 1.0`を実行すると、1.0 electron/Å³ 以上の密度値を表示する領域を示します。

したがって：

ChimeraX で標準偏差（standard deviation）単位で等高線レベルを設定したい場合は、sdLevelを使用します。これは Coot の概念と同じです。
ChimeraX で均方根偏差（root-mean-square deviation）単位で等高線レベルを設定したい場合は、rmsLevelを使用します。

volume #1.1.1.2 sdLevel 1.0 color blue

コンターレベル

mFo-Fc 差異図については、正負値を設定したい場合があります：

volume #1.1.1.4 sdLevel 3.0 color green sdLevel -3.0 color red

[!TIP]

ChimeraX の中間に三軸中心を示す指示がある場合、cofr show falseを使用してそれを非表示にできます。

インターネット上には冷凍電子顕微鏡密度の表示と着色に関する多くのチュートリアルがありますが、結晶構造に関するものは少ないようです。あなたの助けになれば幸いです。

コメントでの議論を歓迎します。