Jayden

Intro#

你需要：

1. 已安装 ChimeraX
2. 晶体结构坐标 PDB 文件
3. 和 PDB 文件对应的电子密度 mtz 文件

本文以 7VH8 为例，参照这篇文章得到 PDB 和 MTZ 文件。

TL;DR#

1. 打开 ChimeraX 安装 Clipper，有两种安装方式:

   1. 图形界面中，在 Tools -> More Tools... 中找到安装即可。
   2. 执行 toolshed install clipper 命令进行安装。

2. 打开 PDB 文件后，将 mtz 文件拖入，会出现弹窗，选择对应的 PDB。
   
   打开后应该是这样的：
   

3. 展示密度：

   1. 我们先将背景颜色改为白色：

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      set bgcolor white
      

   2. 随后选中小分子：

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      sel #1.2:4WI
      

   3. 仅展示小分子附近的密度：

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      clipper isolate sel surroundDistance 0 contextDistance 5 maskRadius 2.5 hideSurrounds true focus true
      

      参数	描述
      sel	指的是当前选中的原子（即小分子）
      surroundDistance	指定扩展选择的距离，默认为 0 埃。这个参数决定了除了选中的原子外，额外包括哪些原子来计算地图覆盖区域。
      contextDistance	这个参数设置了额外显示的上下文区域的距离，默认为 5 埃。这些原子会被显示但不会被地图覆盖。
      maskRadius	指定地图掩码的半径，默认为 3 埃。这决定了地图在选定区域周围延伸多远。
      hideSurrounds	如果为 true，不在 surroundDistance 范围内的原子将被隐藏（卡通显示不受影响）
      focus	如果为 true，视图将重置并居中显示覆盖区域

      

   4. 调整 Contour Level 并赋予颜色：

      需要注意的是：Coot 和 ChimeraX 所采用的 Contour Level 存在差异：

      软件	Contour Level
      Coot	默认使用标准差 (sigma) 单位来表示等值线水平 (尽管在软件中显示为 rmsd）。 当在 Coot 中设置 Contour Level 为 1.0 时，它实际上表示显示密度值大于或等于平均密度加上 1.0 个标准差的区域。
      ChimeraX	通常以绝对电子密度值（electron/ų）来表示等值线水平。 当运行命令 volume #1 level 1.0 时，它表示显示密度值等于或大于 1.0 electron/ų 的区域。

      因此：

      • 如果希望在 ChimeraX 中以标准差 (standard deviation) 为单位设置等值线水平，可使用 sdLevel，这与 Coot 中的概念相同。

      • 如果希望在 ChimeraX 中表示以均方根偏差 (root-mean-square deviation) 为单位设置等值线水平，可使用 rmsLevel.

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      volume #1.1.1.2 sdLevel 1.0 color blue
      

      

      • 这里可以使用 color blue 来赋予颜色。

      对于 mFo-Fc 差异图，你可能想要设置正负值：

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      volume #1.1.1.4 sdLevel 3.0 color green sdLevel -3.0 color red
      

      [!TIP]

      如果 ChimeraX 中间有一个指示三轴中心，你可以通过 cofr show false 来关闭它。

   5. 对光影和颜色进行简单调整后，一张漂亮的图就制作完成了。
      

Outro#

网上有很多教你如何对冷冻电镜密度进行展示和着色的教程，而晶体结构似乎较少，希望对你有帮助。

欢迎留言讨论。

此文由 Mix Space 同步更新至 xLog
原始链接为 https://xxu.do/posts/x-ray/Using-ChimeraX-to-plot-crystal-structure-small-molecule-density