Jayden

TL;DR#

1. 找到感兴趣的结构，这里以目前数据库中分辨率最高（0.48 Å）的结构 5D8V 为例。

2. 下载模型和密度

   1. PDB format 的模型
   2. Validation 2fo-fc coefficients 文件，解压得到 cif 格式文件
   3. Validation fo-fc coefficients 文件，解压得到 cif 格式文件
   4. 得到 3 个文件：
      1. 5d8v.pdb
      2. 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif
      3. 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif

3. 转换格式：

   1. 使用 CCP4 套件中的 cif2mtz

      Copy

      cif2mtz hklin 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif hklout 2fo-fc.mtz << EOF
      EOF
      
      cif2mtz hklin 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif hklout fo-fc.mtz << EOF
      EOF
      

   2. 使用独立 python 包 gemmi

      Copy

      pip3 install gemmi
      
      gemmi cif2mtz 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif 2fo-fc.mtz
      gemmi cif2mtz 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif fo-fc.mtz
      

4. 在 COOT 中加载 PDB 模型和 2fo-fc.mtz 以及 fo-fc.mtz 即可

Reference#

1. X-ray Electron Density Maps

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原始链接为 https://xxu.do/posts/structure/Retrieve-structure-from-PDB-and-view-density