使用PLIP进行蛋白质-配体相互作用分析

您可以使用 PLIP 轻松识别生物大分子与其配体之间的非共价相互作用，并且有一个网络服务器可供使用，您可以在不需要部署的情况下使用它。

不幸的是，您一次只能向网络服务器提交一个结构。因此，如果您有很多结构需要分析，最好在本地运行。在我的情况下，使用 Docker 简单且满足需求。

pharmai/plip
Protein-Ligand Interaction Profiler - Analyze and visualize non-covalent protein-ligand interactions in PDB files according to 📝 Adasme et al. (2021), https://doi.org/10.1093/nar/gkab294
Python464107

此说明基于 macOS，如果您在 Linux 上运行 PLIP，可以将其作为参考。

详细步骤#

安装 Docker：
1. macOS：从网站下载 Docker，并像安装其他软件一样安装并在安装后运行它。
2. Linux：
  
  如果您的服务器在中国，建议使用阿里云的镜像加速。安装命令如下：
```
curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker --mirror Aliyun
```
  在其他国家，您可以直接使用官方脚本进行安装：
```
curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker
```
  如果成功安装了 Docker 和 Docker-Compose，可以使用以下命令查看版本：
```
docker -v
docker compose version
```
创建工作目录
```
mkdir -p $HOME/PLIP/pdb
```
将需要分析的 pdb 文件放入$HOME/PLIP/pdb。

运行 FLIP

cd $HOME/PLIP/pdb

docker run --rm \
    -v ${PWD}:/results \
    -w /results \
    -u $(id -u ${USER}):$(id -g ${USER}) \
    pharmai/plip:latest -f $HOME/pdb/* -xtyp

参数：

-f 可以用于本地PDB文件（-f <file>）或从stdin读取（-f -）。
-i 当提供有效的PDB ID时，PLIP可以自动从PDB服务器获取条目。

XML报告文件（-x，适用于自动处理）
文本报告文件（-t，人类可读）
PyMOL会话文件（-y）
PyMOL光线追踪图像（-p）
写入stdout（-O），与XML或文本报告文件结合使用

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原始链接为 https://xxu.do/posts/academic/Protein-Ligand-Interaction-Analysis-with-PLIP