PLIPによるタンパク質-リガンド相互作用解析

PLIP を使用すると、生物マクロ分子とそのリガンド間の非共有結合相互作用を簡単に特定できます。ウェブサーバーがホストされており、デプロイメントなしで使用できます。

残念ながら、ウェブサーバーには一度に 1 つの構造しか送信できません。したがって、多くの構造を分析する場合は、ローカルで実行することをお勧めします。私の状況では、Docker を使用して簡単に実行でき、要件を満たします。

pharmai/plip
Protein-Ligand Interaction Profiler - Analyze and visualize non-covalent protein-ligand interactions in PDB files according to 📝 Adasme et al. (2021), https://doi.org/10.1093/nar/gkab294
Python464107

このノートは macOS を基にしていますが、Linux で PLIP を実行する場合は参考にしてください。

詳細な手順#

Docker をインストールします：
1. macOS：ウェブサイトから Docker をダウンロードし、他のソフトウェアと同様にインストールしてから実行します。
2. Linux：
  
  サーバーが中国にある場合、Aliyun のイメージアクセラレーションを使用することをお勧めします。インストールコマンドは次のとおりです：
```
curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker --mirror Aliyun
```
  他の国では、公式のスクリプトを直接使用できます：
```
curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker
```
  Docker と Docker-Compose が正常にインストールされた場合、次のコマンドでバージョンを表示できます：
```
docker -v
docker compose version
```
作業ディレクトリを作成します
```
mkdir -p $HOME/PLIP/pdb
```
解析が必要な pdb ファイルを$HOME/PLIP/pdbに配置します。

FLIP を実行します

cd $HOME/PLIP/pdb

docker run --rm \
    -v ${PWD}:/results \
    -w /results \
    -u $(id -u ${USER}):$(id -g ${USER}) \
    pharmai/plip:latest -f $HOME/pdb/* -xtyp

パラメータ：

-f 同じことがローカルのPDBファイル（-f <file>）または標準入力から読み取るために行えます（-f -）。
-i 有効なPDB IDが提供された場合、PLIPはPDBサーバーからエントリを自動的に取得できます。

XMLレポートファイル（-x、自動処理に最適）
テキストレポートファイル（-t、人間が読める）
PyMOLセッションファイル（-y）
PyMOLレイトレース画像（-p）
標準出力に書き込む（-O）、XMLまたはテキストレポートファイルと組み合わせて使用するために使用されます

この記事は Mix Space からの同期更新であり、xLog にも掲載されています。
オリジナルのリンクは https://xxu.do/posts/academic/Protein-Ligand-Interaction-Analysis-with-PLIP です。