LinuxにX-Rayデータ処理ソフトウェアをデプロイする

== このノートは Linux Mint 21.3 に基づいています ==、Ubuntu を実行している場合にも役立つはずです。

XDS 関連ソフトウェア#

参考：https://wiki.uni-konstanz.de/xds/index.php/Installation

XDS パッケージ：

wget https://xds.mr.mpg.de/XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz --no-check-certificate
# 何らかの理由で、wgetはサーバーのSSL証明書を検証できないため、--no-check-certificateパラメータを追加して無視します

tar -xzvf XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz
mv XDS-INTEL64_Linux_x86_64 /usr/local/bin/
ln -sf /usr/local/bin/XDS-INTEL64_Linux_x86_64/* /usr/local/bin/

その他のプログラム：XDS-Viewer、XDSSTAT、XDSCC12、XDSGUI、XSCALE_ISOCLUSTER、spot2pdb、generate_XDS.INP

mkdir -p $HOME/xds-dep && cd $_
wget -N https://wiki.uni-konstanz.de/pub/linux_bin/get_folder.sh
chmod +x get_folder.sh
sudo ./get_folder.sh
rm -rf $HOME/xds-dep

# rootとして、プログラムは/usr/local/bin/linux_binにインストールされ、/usr/local/binにリンクされます。
# 通常のユーザーとして、プログラムはHOME/bin/linux_binにインストールされ、$HOME/binにリンクされます。

sudo apt install -y libxcb-xinerama0 xxdiff libqt5gui5 libqt5printsupport5 libqt5opengl5

オプション：インストールを確認する（グラフィックパッケージのエラーが発生する可能性があります）：

ldd `which xdsgui` | grep found
# コマンドは見つからなかったライブラリを表示するはずです。
# 次に、以下のコマンドでライブラリをインストールできます：

sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt install -y <PackageName>

hdf5 ファイルを読み取る XDS プラグイン：

sudo apt update
sudo apt install -y build-essential libssl-dev libreadline-dev zlib1g-dev cmake git libgtk-3-dev qt5-default
git clone https://github.com/dectris/neggia && cd neggia
mkdir build && cd $_
cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
cmake --build .
sudo cp src/dectris/neggia/plugin/dectris-neggia.so /usr/local/bin/linux_bin
echo export NEGGIA_PATH=/usr/local/bin/linux_bin/dectris-neggia.so >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc

CCP4#

参考：https://www.ccp4.ac.uk/download/installation.html

このウェブサイトからパッケージマネージャをダウンロードし、次に：

cd /path/to/download/folder
tar -xvzf linux-x86_64_ccp4-8.0-setup.tar.gz
./ccp4-8.0-setup

セットアップマネージャのページの指示に従い、2 ページ目で「コマンドライン環境を変更する」をチェックすることを忘れないでください。

Phenix#

参考：https://phenix-online.org/documentation/install-setup-run.html

このウェブサイトでライセンスをリクエストします。
このウェブサイトからソフトウェアをダウンロードします。

インストール

tar xvf phenix-installer-<version>-<platform>.tar
cd phenix-installer-<version>

# <directory>/phenix-<version>を作成し、そこにインストールします
./install --prefix=<directory>  
echo . /usr/local/phenix-<version>/phenix_env.sh >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc

その後、phenix &コマンドで phenix を実行できます。

autoPROC#

参考：https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/Ubuntu1804_64bit/index.html

このウェブサイトでライセンスをリクエストします。ダウンロードに使用するユーザー名とパスワードがあなたのメールに送信されます。
上記のように CCP4 と XDS をインストールし、環境を設定します。
前提条件：
```
sudo apt-get install imagemagick
```

ダウンロード

mkdir -p $HOME/GPhL/autoPROC_snapshot_20240123 && cd$_
wget --http-user=user --http-password=password https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh
wget --http-user=user --http-password=password https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/GPhL_autoPROC_snapshot_20240123.linux64.tar
# .licenseファイルをこのディレクトリに置いてください
# このディレクトリには.tar、.sh、.licenceの3つのファイルがあるはずです

インストール

chmod +x GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh
./GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh

cd $HOME/GPhL
rm -f autoPROC_latest
ln -s autoPROC_snapshot_20240123 autoPROC_latest
echo source $HOME/GPhL/autoPROC_latest/setup.sh >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc

autoPX2#

さらなる情報を得るために QQ グループに参加する必要があります。便利のためにダウンロード用のコピーを提供します：

cd $HOME
wget https://pan.xxu.do/d/guest/local/autoPX2-beta3-Linux.tar.gz
tar -xzvf autoPX2-beta3-Linux.tar.gz && cd $HOME/autoPX2-beta3-Linux
echo export PATH=$HOME/autoPX2-beta3-Linux:$PATH >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc
# プログラムを起動するコマンドの名前を選択できます。ここではautopxです
ln -s autoPXgui.sh autopx

その後、autopxコマンドで autoPX2 を使用できます。

この記事は Mix Space によって xLog に同期更新されました。原始リンクは https://xxu.do/posts/structure/Deploy-X-Ray-Data-Process-Software-on-Linux