在 Ubuntu 上部署 SPA 软件

安装 NVIDIA 驱动程序和 CUDA#

如果您已经安装，可以跳过此部分

移除现有版本：https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-installation-guide-linux/index.html
安装 NVIDIA 驱动：https://docs.nvidia.com/datacenter/tesla/tesla-installation-notes/index.html
安装 CUDA 工具包：https://developer.nvidia.com/cuda-12-1-0-download-archive

独立 CryoSPARC#

请求学术许可证： https://cryosparc.com/download，然后您将在电子邮件中收到许可证 ID。
将您的许可证 ID 导出为环境变量：

export LICENSE_ID="<license_id>"

使用 curl 下载

mkdir cryosparc && cd cryosparc
curl -L https://get.cryosparc.com/download/master-latest/$LICENSE_ID -o cryosparc_master.tar.gz
curl -L https://get.cryosparc.com/download/worker-latest/$LICENSE_ID -o cryosparc_worker.tar.gz

解压

tar -xf cryosparc_master.tar.gz cryosparc_master
tar -xf cryosparc_worker.tar.gz cryosparc_worker

mkdir cryosparc_database cryosparc_worker/cryosparc_cache

安装

cd cryosparc_master

./install.sh    --standalone \
                --license $LICENSE_ID \
                --worker_path $HOME/cryosparc/cryosparc_worker \
                --ssdpath $HOME/cryosparc/cryosparc_worker/cryosparc_cache \
                --initial_email yourEmail \
                --initial_username "username" \
                --initial_firstname "firstname" \
                --initial_lastname "lastname" \
                --port 40000 \
                --initial_password yourPassword

添加环境变量

echo "export PATH=$PATH:$HOME/cryosparc/cryosparc_master/bin" >> ~/.bashrc
echo "export PATH=$PATH:$HOME/cryosparc/cryosparc_worker/bin" >> ~/.bashrc

RELION#

安装依赖

sudo apt install cmake git build-essential mpi-default-bin mpi-default-dev libfftw3-dev libtiff-dev libpng-dev ghostscript libxft-dev

下载 RELION

git clone https://github.com/3dem/relion.git
git checkout ver4.0
git pull

编译

mkdir relion/build && cd build
cmake .. && make -j

添加环境变量

echo "export PATH=$HOME/relion/build/bin:$PATH" >> ~/.bashrc

安装 MotionCor2

mkdir $HOME/MotionCor2 && cd $HOME/MotionCor2
wget https://drive.google.com/uc\?export\=download\&id\=1hskY_AbXVgrl_BUIjWokDNLZK0c1FLxF -O MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
unzip MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
chmod +x MotionCor2_1.6.4_Cuda121_Mar312023

EMAN2#

安装 Miniconda:

mkdir -p ~/miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh
bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3
rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh
~/miniconda3/bin/conda init bash

# 或者您使用的是 zshell
~/miniconda3/bin/conda init zsh

安装

conda update --all
conda install mamba -c conda-forge

如果您希望在启动时不激活 conda 的基础环境，请运行：
```
conda config --set auto_activate_base false
```

IMOD#

https://bio3d.colorado.edu/imod/

下载并设置执行权限：

wget https://bio3d.colorado.edu/imod/AMD64-RHEL5/imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh --no-check-certificate
sudo chmod +x imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh

安装到 /usr/local，并将 IMOD-linux.sh 添加到 /ect/profile.d。
```
sudo ./imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh
```

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原始链接为 https://xxu.do/posts/structure/Deploy-SPA-software-on-ubuntu