UbuntuにSPAソフトウェアをデプロイする

NVIDIA ドライバーと CUDA のインストール#

インストール済みの場合はこの部分をスキップできます

既存のバージョンを削除：https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-installation-guide-linux/index.html
NVIDIA ドライブをインストール：https://docs.nvidia.com/datacenter/tesla/tesla-installation-notes/index.html
CUDA Toolkit をインストール：https://developer.nvidia.com/cuda-12-1-0-download-archive

スタンドアロン CryoSPARC#

学術ライセンスをリクエスト：https://cryosparc.com/download、その後、メールでライセンス ID が届きます。
環境変数としてライセンス ID をエクスポート：

export LICENSE_ID="<license_id>"

curl でダウンロード

mkdir cryosparc && cd cryosparc
curl -L https://get.cryosparc.com/download/master-latest/$LICENSE_ID -o cryosparc_master.tar.gz
curl -L https://get.cryosparc.com/download/worker-latest/$LICENSE_ID -o cryosparc_worker.tar.gz

抽出

tar -xf cryosparc_master.tar.gz cryosparc_master
tar -xf cryosparc_worker.tar.gz cryosparc_worker

キャッシュとデータベース用のディレクトリを作成

mkdir cryosparc_database cryosparc_worker/cryosparc_cache

インストール

cd cryosparc_master

./install.sh    --standalone \
                --license $LICENSE_ID \
                --worker_path $HOME/cryosparc/cryosparc_worker \
                --ssdpath $HOME/cryosparc/cryosparc_worker/cryosparc_cache \
                --initial_email yourEmail \
                --initial_username "username" \
                --initial_firstname "firstname" \
                --initial_lastname "lastname" \
                --port 40000 \
                --initial_password yourPassword

環境変数を追加

echo "export PATH=$PATH:$HOME/cryosparc/cryosparc_master/bin" >> ~/.bashrc
echo "export PATH=$PATH:$HOME/cryosparc/cryosparc_worker/bin" >> ~/.bashrc

RELION#

依存関係をインストール

sudo apt install cmake git build-essential mpi-default-bin mpi-default-dev libfftw3-dev libtiff-dev libpng-dev ghostscript libxft-dev

RELION をダウンロード

git clone https://github.com/3dem/relion.git
git checkout ver4.0
git pull

コンパイル

mkdir relion/build && cd build
cmake .. && make -j

環境変数を追加

echo "export PATH=$HOME/relion/build/bin:$PATH" >> ~/.bashrc

MotionCor2 をインストール

mkdir $HOME/MotionCor2 && cd $HOME/MotionCor2
wget https://drive.google.com/uc\?export\=download\&id\=1hskY_AbXVgrl_BUIjWokDNLZK0c1FLxF -O MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
unzip MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
chmod +x MotionCor2_1.6.4_Cuda121_Mar312023

EMAN2#

Miniconda をインストール：

mkdir -p ~/miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh
bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3
rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh
~/miniconda3/bin/conda init bash

# またはzshを使用している場合
~/miniconda3/bin/conda init zsh

インストール

conda update --all
conda install mamba -c conda-forge

conda のベース環境が起動時に自動的にアクティブにならないようにしたい場合は、次のコマンドを実行：
```
conda config --set auto_activate_base false
```

IMOD#

https://bio3d.colorado.edu/imod/

ダウンロードして実行権限を設定：

wget https://bio3d.colorado.edu/imod/AMD64-RHEL5/imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh --no-check-certificate
sudo chmod +x imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh

/usr/localにインストールし、IMOD-linux.shが/ect/profile.dに追加されます。
```
sudo ./imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh
```

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元のリンクは https://xxu.do/posts/structure/Deploy-SPA-software-on-ubuntu