介绍#
您可以使用wizard->measurement->Distances to Rings演示 pi-pi 相互作用，这很容易做到，而且不需要隐藏伪原子。
然而，当演示 pi - 阳离子相互作用时，Distances to Rings无法实现目标，因为该工具仅用于测量两个环之间的距离。但是您可以使用伪原子来完成。
详细步骤#
预处理#
- 用灰色着色模型，然后按元素着色以清晰地查看。
- 选择配体并将对象重命名为 'ligand'，然后用洋红色（或您喜欢的颜色）着色。
- 选择交互残基：选择配体，
actions->around->residues with...，将对象重命名为 'active'，然后通过show->side chain->sticks显示残基的侧链。 - 使用
hide->valence隐藏价键，使用remove hydrogen去除氢原子。 - 查找极性接触：选择配体，
action->find->polar contacts->to others excluding solvent
演示 pi - 阳离子相互作用#
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创建伪原子
- 将选择模式切换为 “Atoms”，逐个点击需要生成一个中心原子的环的原子，所选对象为
sele - 在命令行中运行
pseudoatom $NameOftheCenter, sele。
- 将选择模式切换为 “Atoms”，逐个点击需要生成一个中心原子的环的原子，所选对象为
-
测量距离：
wizard->measurement -
隐藏伪原子：
hide->everything
讨论#
- Pi - 阳离子相互作用距离应小于 6.6 埃，pi-pi 相互作用通常用绿色表示。
- Pi-pi 相互作用距离应小于 7 埃【2】，pi-pi 相互作用通常用蓝色表示。
参考资料：#
- https://www.bilibili.com/video/BV1ZK4y1j7AW/
- Shao, Jinfeng. / Evaluation of π-π interactions in proteins using Trp analogs : From protein labeling to quantitating the energies involved. [Groningen] : University of Groningen, 2016. 127 p.
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原始链接为 https://xxu.do/posts/academic/Demonstrate-pi-pi-and-pi-cation-interaction-with-pseudoatom-in-pymol