イントロ#
wizard->measurement->Distances to Ringsを使用して、pi-pi 相互作用をデモンストレーションすることができます。簡単に行うことができ、擬似原子を隠す必要はありません。
ただし、pi-cation 相互作用をデモンストレーションする場合、Distances to Ringsでは目標を達成することができません。このツールは 2 つのリング間の距離を測定するためにのみ使用されます。しかし、擬似原子を使用することで実行することができます。
詳細な手順#
前処理#
- モデルをグレーで着色し、要素ごとに色を付けて見やすくします。
- リガンドを選択し、オブジェクト名を「ligand」に変更し、マゼンタ色（または好きな色）で着色します。
- インタラクティブな残基を選択します。リガンドを選択し、
actions->around->residues with...を実行し、オブジェクト名を「active」に変更し、show->side chain->sticksでスティックで残基を表示します。 hide->valenceで価電子を非表示にし、remove hydrogenで水素を除去します。- 極性接触を検索します。リガンドを選択し、
action->find->polar contacts->to others excluding solventを実行します。
pi-cation 相互作用のデモンストレーション#
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擬似原子の作成
- 選択モードを「Atoms」に切り替え、リングの原子を 1 つずつクリックして、中心の原子を生成する必要があるリングの原子を選択します。選択されたオブジェクトは
seleです。 - コマンドラインで
pseudoatom $NameOftheCenter, seleを実行します。
- 選択モードを「Atoms」に切り替え、リングの原子を 1 つずつクリックして、中心の原子を生成する必要があるリングの原子を選択します。選択されたオブジェクトは
-
距離の測定：
wizard->measurement -
擬似原子を非表示にする：
hide->everything
議論#
- pi-cation 相互作用の距離は 6.6 オングストローム未満である必要があり、pi-pi 相互作用は一般的に緑で表されます。
- pi-pi 相互作用の距離は 7 オングストローム未満である必要があり【2】、pi-pi 相互作用は一般的に青で表されます。
参考文献：#
- https://www.bilibili.com/video/BV1ZK4y1j7AW/
- Shao, Jinfeng. / Evaluation of π-π interactions in proteins using Trp analogs : From protein labeling to quantitating the energies involved. [Groningen] : University of Groningen, 2016. 127 p.
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元のリンクはhttps://xxu.do/posts/academic/Demonstrate-pi-pi-and-pi-cation-interaction-with-pseudoatom-in-pymol