根據序列保守性進行的顏色蛋白質模型與ConSurf

ConSurf | 蛋白質的進化保守性分析，它分析蛋白質的序列保守性並根據結果為模型上色，如果您研究的蛋白質在結構上是保守的，但在序列上有所變化，這將是有幫助的。

分析保守性#

您需要準備的只是蛋白質模型，如果您沒有模型，至少需要序列，結構可以從中預測。

如果您有多序列比對 (MSA) 文件，您可以上傳它，然後該序列將用於生成保守性分析結果。

然後您的模型將根據結果上色。

自定義顏色#

在 ConSurf 中模型的顏色沒有選擇，但您可以使用 Pymol 來實現。

下載 Pymol 的結果。
在 RAMPGEN.COM 上生成顏色漸變，然後複製 JSON 格式並替換腳本中的顏色：

:::grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}

:::

將您的顏色漸變粘貼到腳本中並將其保存為 set_colors.py：

# 此腳本是在 ChatGPT 的幫助下完成的
color_data = [
       # 在這裡粘貼您的顏色漸變。
    ]

# 定義顏色並將顏色設置為相應的對象
for i, item in enumerate(color_data, start=1):
    hex_color = item['color']
    # 將 HEX 轉換為 RGB
    r, g, b = int(hex_color[1:3], 16), int(hex_color[3:5], 16), int(hex_color[5:], 16)
    rgb = (r/255.0, g/255.0, b/255.0)
    
    # 設置顏色
    color_name = f"color_{i}"
    pymol.cmd.set_color(color_name, rgb)
    
    # 將顏色應用於對象
    object_name = f"all_group_{i}"
    pymol.cmd.color(color_name, object_name)

# 確保視圖已更新
pymol.cmd.rebuild()

您的腳本應該看起來像這樣：

color_data = [
        {
             "values": 0,
             "color": "#F6936F"
        },
        {
             "value": 12.50,
             "color": "#F8AE93"
        },
        {
             "value": 25.00,
             "color": "#FAC9B7"
        },
        {
             "value": 37.50,
             "color": "#FCE4DB"
        },
        {
             "value": 50.00,
             "color": "#FFFFFF"
        },
        {
             "value": 62.50,
             "color": "#DDEBF1"
        },
        {
             "value": 75.00,
             "color": "#BCD7E4"
        },
        {
             "value": 87.50,
             "color": "#9BC3D6"
        },
        {
             "value": 100,
             "color": "#7AAFC9"
        }
    ]

# 定義顏色並將顏色設置為相應的對象
for i, item in enumerate(color_data, start=1):
    hex_color = item['color']
    # 將 HEX 轉換為 RGB
    r, g, b = int(hex_color[1:3], 16), int(hex_color[3:5], 16), int(hex_color[5:], 16)
    rgb = (r/255.0, g/255.0, b/255.0)
    
    # 設置顏色
    color_name = f"color_{i}"
    pymol.cmd.set_color(color_name, rgb)
    
    # 將顏色應用於對象
    object_name = f"all_group_{i}"
    pymol.cmd.color(color_name, object_name)

# 確保視圖已更新
pymol.cmd.rebuild()

在 Pymol 中加載 ConSurf 結果，並從 'File -> Run Script...' 運行腳本。

:::grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}

:::

此文由 Mix Space 同步更新至 xLog
原始鏈接為 https://xxu.do/posts/structure/Color-the-model-by-sequence-conservation-with-ConSurf