通过序列保守性进行的颜色蛋白质模型与ConSurf

ConSurf | 蛋白质的进化保守性分析，它分析蛋白质的序列保守性并根据结果为模型上色，如果你研究的蛋白质在结构上是保守的，但在序列上有所不同，这可能会很有帮助。

分析保守性#

你需要准备的只是一个蛋白质模型，如果你没有模型，至少需要序列，结构可以从中预测。

如果你有一个 ** 多序列比对（MSA）** 文件，你可以上传它，然后该序列将用于生成保守性分析结果。

然后你的模型将根据结果上色。

自定义颜色#

在 ConSurf 中，模型的颜色没有选择，但你可以使用 Pymol 来实现。

下载 Pymol 的结果。
在 RAMPGEN.COM 上生成一个颜色梯度，然后复制 JSON 格式并替换脚本中的颜色：

:::grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}

:::

将你的颜色梯度粘贴到脚本中并将其保存为set_colors.py：

# 该脚本在ChatGPT的帮助下完成
color_data = [
       # 在这里粘贴你的颜色梯度。
    ]

# 定义颜色并将颜色设置为相应的对象
for i, item in enumerate(color_data, start=1):
    hex_color = item['color']
    # 将HEX转换为RGB
    r, g, b = int(hex_color[1:3], 16), int(hex_color[3:5], 16), int(hex_color[5:], 16)
    rgb = (r/255.0, g/255.0, b/255.0)
    
    # 设置颜色
    color_name = f"color_{i}"
    pymol.cmd.set_color(color_name, rgb)
    
    # 将颜色应用于对象
    object_name = f"all_group_{i}"
    pymol.cmd.color(color_name, object_name)

# 确保视图已更新
pymol.cmd.rebuild()

你的脚本应该看起来像这样：

color_data = [
        {
             "values": 0,
             "color": "#F6936F"
        },
        {
             "value": 12.50,
             "color": "#F8AE93"
        },
        {
             "value": 25.00,
             "color": "#FAC9B7"
        },
        {
             "value": 37.50,
             "color": "#FCE4DB"
        },
        {
             "value": 50.00,
             "color": "#FFFFFF"
        },
        {
             "value": 62.50,
             "color": "#DDEBF1"
        },
        {
             "value": 75.00,
             "color": "#BCD7E4"
        },
        {
             "value": 87.50,
             "color": "#9BC3D6"
        },
        {
             "value": 100,
             "color": "#7AAFC9"
        }
    ]

# 定义颜色并将颜色设置为相应的对象
for i, item in enumerate(color_data, start=1):
    hex_color = item['color']
    # 将HEX转换为RGB
    r, g, b = int(hex_color[1:3], 16), int(hex_color[3:5], 16), int(hex_color[5:], 16)
    rgb = (r/255.0, g/255.0, b/255.0)
    
    # 设置颜色
    color_name = f"color_{i}"
    pymol.cmd.set_color(color_name, rgb)
    
    # 将颜色应用于对象
    object_name = f"all_group_{i}"
    pymol.cmd.color(color_name, object_name)

# 确保视图已更新
pymol.cmd.rebuild()

在 Pymol 中加载 ConSurf 结果，并从 “文件 -> 运行脚本...” 运行脚本。

:::grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}

:::

此文由 Mix Space 同步更新至 xLog
原始链接为 https://xxu.do/posts/structure/Color-the-model-by-sequence-conservation-with-ConSurf