ConSurf | プロテインの進化的保存プロファイル は、プロテインの配列保存性を解析し、その結果によってモデルを色分けします。もし研究対象のプロテインが構造上は保存されているが配列上は異なる場合、これは役に立つかもしれません。
保存性の解析#
準備する必要があるのは プロテインモデル のみで、もし持っていない場合は少なくとも配列が必要です。構造はそれから 予測 することができます。
もし 複数の配列アライメント (MSA) ファイルを持っている場合は、それをアップロードすることができ、その配列が保存性解析の結果生成に使用されます。
その後、モデルは結果に基づいて 色分け されます。
カスタマイズカラー#
ConSurf ではモデルのカラーの選択肢はありませんが、Pymol を使用して行うことができます。
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Pymol 用の 結果をダウンロード します。
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RAMPGEN.COM で カラーランプを生成 し、JSON 形式をコピーしてスクリプト内のカラーを置き換えます：
:::grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}
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生成したカラーランプをスクリプトに 貼り付けて
set_colors.pyとして保存 します：# このスクリプトは ChatGPT の助けを借りて完成しました color_data = [ # カラーランプをここに貼り付けてください ] # カラーを定義し、対応するオブジェクトにカラーを設定します for i, item in enumerate(color_data, start=1): hex_color = item['color'] # HEXをRGBに変換します r, g, b = int(hex_color[1:3], 16), int(hex_color[3:5], 16), int(hex_color[5:], 16) rgb = (r/255.0, g/255.0, b/255.0) # カラーを設定します color_name = f"color_{i}" pymol.cmd.set_color(color_name, rgb) # オブジェクトにカラーを適用します object_name = f"all_group_{i}" pymol.cmd.color(color_name, object_name) # ビューが更新されるようにします pymol.cmd.rebuild() -
スクリプトは以下のようになるはずです：
color_data = [ { "values": 0, "color": "#F6936F" }, { "value": 12.50, "color": "#F8AE93" }, { "value": 25.00, "color": "#FAC9B7" }, { "value": 37.50, "color": "#FCE4DB" }, { "value": 50.00, "color": "#FFFFFF" }, { "value": 62.50, "color": "#DDEBF1" }, { "value": 75.00, "color": "#BCD7E4" }, { "value": 87.50, "color": "#9BC3D6" }, { "value": 100, "color": "#7AAFC9" } ] # カラーを定義し、対応するオブジェクトにカラーを設定します for i, item in enumerate(color_data, start=1): hex_color = item['color'] # HEXをRGBに変換します r, g, b = int(hex_color[1:3], 16), int(hex_color[3:5], 16), int(hex_color[5:], 16) rgb = (r/255.0, g/255.0, b/255.0) # カラーを設定します color_name = f"color_{i}" pymol.cmd.set_color(color_name, rgb) # オブジェクトにカラーを適用します object_name = f"all_group_{i}" pymol.cmd.color(color_name, object_name) # ビューが更新されるようにします pymol.cmd.rebuild() -
Pymol で ConSurf の結果を 読み込み、スクリプトを 'File -> Run Script...' から実行します。
:::grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}
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この記事は Mix Space からの同期更新であり、xLog にも掲載されています。
元のリンクは https://xxu.do/posts/structure/Color-the-model-by-sequence-conservation-with-ConSurf です。