Jayden

簡介#

建立一個巨大的冷凍電子顯微圖的模型可能會很煩人，特別是當它非常複雜時。

但現在你可以使用 ModelAngleo 在本地建立冷凍電子顯微圖的模型，而不用擔心數據洩漏的問題。

使用方法#

1. 確保您滿足 ModelAngelo 的計算要求：主要是擁有至少 8GB 記憶體的 GPU。

2. 安裝

   1. 安裝 Miniconda：https://docs.anaconda.com/free/miniconda

   2. 克隆存儲庫並運行腳本：

      Copy

      git clone https://github.com/3dem/model-angelo.git
      cd model-angelo && source install_script.sh
      

3. 過程：

   1. 開始之前，您需要在終端中運行 conda activate model_angelo 來激活環境。

   2. 使用 FASTA 序列建立一個地圖：

      Copy

      model_angelo build -v map.mrc -pf prot.fasta -df dna.fasta -rf rna.fasta -o output
      
      -v：地圖，以 mrc 格式
      -pf：蛋白質序列
      -df：DNA 序列
      -rf：RNA 序列
      -o：輸出目錄
      

      [!IMPORTANT]

      您不需要在 FASTA 文件中重複二聚體的序列。

   3. 使用無 FASTA 序列的地圖建立一個地圖：

      Copy

      model_angelo build_no_seq -v map.mrc -o output
      

[!NOTE]

如果結果看起來很糟糕，連接不起來，那麼地圖可能是錯的，只需翻轉地圖並重新運行。

參考資料#

1. 文章：https://www.nature.com/articles/s41586-024-07215-4
2. 程式碼：https://github.com/3dem/model-angelo

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原始連結為 https://xxu.do/posts/structure/Build-Models-for-cryo-EM-Maps-with-ModelAngelo