Jayden

简介#

构建一个巨大的冷冻电子显微图模型可能会很烦人，特别是当它非常复杂的时候。

但是现在你可以使用ModelAngleo在本地构建冷冻电子显微图的模型，而不用担心数据泄漏。

使用方法#

1. 确保你已满足 ModelAngelo 的计算要求：主要是至少 8GB 内存的 GPU。

2. 安装

   1. 安装 Miniconda：https://docs.anaconda.com/free/miniconda

   2. 克隆仓库并运行脚本：

      Copy

      git clone https://github.com/3dem/model-angelo.git
      cd model-angelo && source install_script.sh
      

3. 过程：

   1. 在开始之前，你需要在终端中运行conda activate model_angelo来激活环境。

   2. 使用 FASTA 序列构建地图：

      Copy

      model_angelo build -v map.mrc -pf prot.fasta -df dna.fasta -rf rna.fasta -o output
      
      -v: 地图，以mrc格式
      -pf: 蛋白质序列
      -df: DNA序列
      -rf: RNA序列
      -o: 输出目录
      

      [!IMPORTANT]

      你不需要在 FASTA 文件中重复二聚体的序列。

   3. 不使用 FASTA 序列构建地图：

      Copy

      model_angelo build_no_seq -v map.mrc -o output
      

[!NOTE]

如果结果看起来很糟糕，链条之间没有连接，那么可能是地图放反了，只需翻转地图并重新运行即可。

参考资料#

1. 文章：https://www.nature.com/articles/s41586-024-07215-4
2. 代码：https://github.com/3dem/model-angelo

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原始链接为 https://xxu.do/posts/structure/Build-Models-for-cryo-EM-Maps-with-ModelAngelo