Jayden

イントロ#

巨大なクライオ EM マップのモデルを構築することは、特にそれが超複雑な場合には面倒です。

しかし、今ではModelAngleoを使用して、データ漏洩の心配なく、クライオ EM マップのモデルをローカルで構築することができます。

使用法#

1. ModelAngelo の計算要件を満たしていることを確認してください。主に少なくとも 8GB のメモリを持つ GPUが必要です。

2. インストール

   1. Miniconda をインストールしてください: https://docs.anaconda.com/free/miniconda

   2. リポジトリをクローンし、スクリプトを実行してください:

      Copy

      git clone https://github.com/3dem/model-angelo.git
      cd model-angelo && source install_script.sh
      

3. 処理:

   1. 開始する前に、ターミナルでconda activate model_angeloを実行して、環境をアクティベートする必要があります。

   2. FASTA シーケンスを使用してマップを構築する場合:

      Copy

      model_angelo build -v map.mrc -pf prot.fasta -df dna.fasta -rf rna.fasta -o output
      
      -v: マップ（mrc形式）
      -pf: タンパク質のシーケンス
      -df: DNAのシーケンス
      -rf: RNAのシーケンス
      -o: 出力ディレクトリ
      

      [!IMPORTANT]

      FASTA ファイル内の二量体のシーケンスを繰り返す必要はありません。

   3. FASTA シーケンスがない場合にマップを構築する場合:

      Copy

      model_angelo build_no_seq -v map.mrc -o output
      

[!NOTE]

もし結果がつながっていないチェーンでひどく見える場合は、おそらくマップが逆さまになっているので、マップを反転させて再実行してください。

参考文献#

1. 記事: https://www.nature.com/articles/s41586-024-07215-4
2. コード: https://github.com/3dem/model-angelo

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元のリンクは https://xxu.do/posts/structure/Build-Models-for-cryo-EM-Maps-with-ModelAngelo です。