Jayden

from pymol import cmd, stored

def interfaceResidues(cmpx, cA='c. A', cB='c. B', cutoff=1.0, selName="interface"):
	"""
	interfaceResidues -- 查找复合体中两个链之间的 'interface' 残基。
	
	参数
		cmpx
			包含 cA 和 cB 的复合体
		
		cA
			我们在其中搜索与 cB 接口的残基的第一个链
		
		cB
			我们在其中搜索与 cA 接口的残基的第二个链
		
		cutoff
			被认为是接口残基的面积差异。 从复合体到单链的 dASA 大于此截止值的残基将被保留。 零保留所有残基。
			
		selName
			要返回的选择的名称。
			
	返回
		* 创建并命名一个接口残基的选择，取决于您传递给 selName 的内容
		* 返回一个值的数组，其中每个值为：
			( modelName, residueNumber, dASA )
			
	注意
		如果您有两个不来自同一 PDB 的链，您想将它们复合在一起，请使用 create 命令，如：
			create myComplex, pdb1WithChainA or pdb2withChainX
	然后像这样将 myComplex 传递给此脚本：
			interfaceResidues myComlpex, c. A, c. X
			
		此脚本计算复合体的整体面积。 然后，它分离您通过参数 cA 和 cB 传入的两个链。 一旦有了这个，它计算差异，任何高于截止值的残基被称为接口残基。
			
	作者：
		Jason Vertrees, 2009.		
	"""
	# 保存用户的设置，在设置 dot_solvent 之前
	oldDS = cmd.get("dot_solvent")
	cmd.set("dot_solvent", 1)
	
	# 为临时对象/选择设置一些字符串名称
	tempC, selName1 = "tempComplex", selName+"1"
	chA, chB = "chA", "chB"
	
	# 在新对象上操作并关闭原始对象
	cmd.create(tempC, cmpx)
	cmd.disable(cmpx)
	
	# 移除杂物和不相关的链
	cmd.remove(tempC + " and not (polymer and (%s or %s))" % (cA, cB))
	
	# 获取完整复合体的面积
	cmd.get_area(tempC, load_b=1)
	# 将加载的 b 复制到 q 字段。
	cmd.alter(tempC, 'q=b')
	
	# 提取两个链并计算新的面积
	# 注意：q 字段被复制到新对象 chA 和 chB
	cmd.extract(chA, tempC + " and (" + cA + ")")
	cmd.extract(chB, tempC + " and (" + cB + ")")
	cmd.get_area(chA, load_b=1)
	cmd.get_area(chB, load_b=1)
	
	# 使用差异更新仅链对象
	cmd.alter( "%s or %s" % (chA,chB), "b=b-q" )
	
	# 计算完成。 现在，我们需要做的就是确定哪些残基超过截止值并保存它们。
	stored.r, rVal, seen = [], [], []
	cmd.iterate('%s or %s' % (chA, chB), 'stored.r.append((model,resi,b))')

	cmd.enable(cmpx)
	cmd.select(selName1, 'none')
	for (model,resi,diff) in stored.r:
		key=resi+"-"+model
		if abs(diff)>=float(cutoff):
			if key in seen: continue
			else: seen.append(key)
			rVal.append( (model,resi,diff) )
			# 在这里扩展选择；我选择遍历 stored.r 而不是创建一个大的选择，因为如果残基太多，PyMOL 可能会在非常大的选择上崩溃。 这几乎可以保证不会杀死 PyMOL；但是，它可能需要更长的时间来运行。
			cmd.select( selName1, selName1 + " or (%s and i. %s)" % (model,resi))

	# 这是如何将选择转移到另一个对象。
	cmd.select(selName, cmpx + " in " + selName1)
	# 清理
	cmd.delete(selName1)
	cmd.delete(chA)
	cmd.delete(chB)
	cmd.delete(tempC)
	# 显示选择
	cmd.enable(selName)
	
	# 重置用户设置
	cmd.set("dot_solvent", oldDS)
	
	return rVal

cmd.extend("interfaceResidues", interfaceResidues)